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感染性疾病领域的精准诊断迎来重大进展！12月18日，北京大学人民医院王辉教授领衔，联合感染病学、呼吸病学、重症医学、微生物学基础医学等多领域的专家共同发布了国内首个《靶向高通量测序在感染性疾病中应用与实践专家共识》（简称《共识》）。
《共识》明确规范了靶向高通量测序（tNGS）的临床适应症、技术要点、干湿实验室建设、报告发放等医学诊断的全流程，意味着tNGS在感染性疾病诊断中的应用有了行业认可和可遵循的检测标准、方法，确保实验室的标准化操作，消除不同方法带来的结果误差，助力疾病精准诊断迈向新高度。
感染性疾病严重威胁人类健康。随着抗生素耐药和不合理使用问题的逐渐加重，如何早期、快速、精准地鉴别出致病微生物，成为感染性疾病有效防治的关键。高通量测序（NGS）技术为临床感染性疾病提供了高通量检测技术手段，主要包括宏基因组高通量测序（mNGS）、靶向高通量测序（tNGS）和全基因组测序（WGS）。tNGS 和 mNGS 通量高，可一次性检测百种以上病原。两者不同之处在于，mNGS为鸟枪法测序，无需预设待检病原，但易受人源背景干扰。而tNGS通过特异性引物扩增或者杂交捕获的方式靶向富集目标病原体或基因，测序量仅为mNGS百分之一，成本低且同一流程可检测DNA和RNA病原。然而，当前tNGS临床应用场景不明确，且不同实验室tNGS技术体系差异大，结果良莠不齐，在临床适应证、实验流程、质量控制、性能验证和报告解读等方面均缺乏共识和标准，影响了行业发展。
《共识》的发布，正好为tNGS在感染性疾病诊断中的应用提供标准和示范。其强调，临床应分症候群、根据不同感染部位选择适合的tNGS panel送检，且相应感染部位避免纳入无关病原微生物；tNGS是辅助诊断的有力工具，但不能单独用于确诊或排除疾病。1、 tNGS的应用场景应与mNGS有所区别和侧重。对于非重症患者，传统微生物学检测阴性时，考虑送检 tNGS；病情危重或新发突发传染病时，考虑送检mNGS。2、针对不同的感染部位，建议覆盖相应病原谱的tNGS，比如肺部感染组套、中枢神经系统感染组套等。靶向病原谱应包括该症候群难培养、罕见的病原，不宜纳入该部位无临床意义的微生物。3、tNGS结果阴性而临床仍高度怀疑感染时，考虑送检mNGS。4、建议根据临床需求和医疗花费选择不同tNGS方法。多重PCR扩增tNGS方法靶标少，花费较低，而探针捕获tNGS方法覆盖病原谱广，花费较高。5、临床高度怀疑结核分枝杆菌感染或抗酸染色阳性需鉴别非结核分枝杆菌（NTM）感染时，考虑选用包括结核分枝杆菌复合群及致病性NTM的tNGS。针对微生物耐药适应症，《共识》指出，mNGS在耐药基因检测上存在局限，尤其在低浓度样本中难以准确分析耐药亚型，不建议常规用于耐药基因检测。相比之下，tNGS通过靶向特定耐药基因区域，能提供相对更可靠的耐药检测结果。6、结核分枝杆菌培养和药敏试验时间长，建议INGS用于呼吸道标本的结核分枝杆菌鉴定、耐药基因及其突变位点的检测。7、 临床怀疑特定耐药菌感染，并且耐药基因与耐药表型关联性强时，可考虑送检tNGS，作为常规方法的补充。重点关注碳青霉烯酶、超广谱B-内酰胺酶（ESBL）、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）、万古霉素耐药肠球菌（VRE）等耐药基因和病原体。针对流行病学和病原监测适应症，《共识》指出进行新型冠状病毒、流感病毒等病毒变异监测时，可考虑选择覆盖基因组全长的tNGS。
tNGS/mNGS选择及tNGS临床解读处置流程 注：tNGS为靶向高通量测序；mNGS为宏基因组高通量测序；MDT为多学科诊疗 《共识》还强调了tNGS的临床报告的正确发放和科学解读对于临床决策至关重要。其建议组建包括微生物实验室技师/医师和临床医师的团队，在报告过程中，建议针对不同标本和感染类型建立病原解析库，建议结合标本类型、病原种类、均一化序列数等指标进行报告解读，在临床信息基础上判断该病原的致病等级。
tNGS+MetaCAP+报告解读 金域助力感染性疾病精准诊断
《共识》的发布，为实验室提供了一套标准化的操作流程。其覆盖tNGS引物/探针设计到报告解读全流程，确保了报告的科学性和准确性。作为率先将tNGS应用于感染性疾病临床诊断的第三方医检机构，金域医学用于病原测序的tNGS和MetaCAP技术平台，正好对应《共识》中的多重PCR扩增法tNGS和探针捕获法tNGS。
金域医学感染性疾病检测中心 截至目前，金域医学tNGS平台已推出呼吸107、呼吸225、神经100、MTB-NTM（分枝杆菌菌种鉴定与耐药基因检测）、HP毒力和耐药基因检测等；MetaCAP平台则推出了MetaCAP™、血流感染NGS-MetaBlood™、感染病理NGS-MetaPath™等，在解决呼吸系统感染、中枢神经系统感染、血流感染、感染病理等场景优势明显。依托覆盖全国的服务网络，这两个技术平台已逐步向全国各级医疗机构提供服务。为帮助临床医生更便捷理解检测报告，金域医学基于专业化的病原微生物知识库，结合不同样本类型、不同免疫状态人群、临床特征和诊断思路，在金域云检KMC平台上线tNGS智慧报告解读服务，为临床医生提供有针对性的报告解读，便于临床医生快速了解特定标本类型下检出病原体的临床释义，助力提高诊断效率。
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