mNGS宏基因组二代测序应用指南与专家共识汇总（中华系列杂志） ...

近年来，造成人类感染的病原微生物日益复杂，抗菌药物滥用致使细菌耐药，病原微生物感染已成为全球关注的焦点。据WHO统计，在全球，感染性疾病导致的死亡占全部死因的25%以上，每年1300万儿童死于感染性疾病；在中国，感染性疾病占所有疾病的50%以上。面对感染疾病患者，快速准确的确定感染病原体是后续对症治疗的关键，宏基因组二代测序技术（metagenomics next-generation sequencing, mNGS）为解决这一问题提供了一个可能的突破方向。

感染性疾病严重危害人类生命健康,快速准确检测病原体是有效治疗和精准防控感染性疾病的关键环节。传统的病原学检验技术覆盖的微生物种类少,难以满足临床需求。宏基因组高通量测序(mNGS)理论上可同时检测所有已知基因序列的病原体,在很大程度上提高了临床疑难危重感染、罕见和新发病原体感染的诊断水平和救治能力。在个体化医疗需求的大背景下,新技术的实验室自建检测能够持续提高临床诊治水平。由于mNGS技术平台研发起点高、操作流程复杂,为了保证该技术合理应用,保障患者医疗安全,本文在临床检验、感染、危重症及体外诊断等领域的专家就mNGS-LDT的流程搭建、性能确认、质量控制、报告审核等方面形成共识并提出规范要求和建议。

1）mNGS实验室建设基本要求

2）湿实验流程搭建

3）干实验流程搭建

4）mNGS的性能确定

5）临床诊断性能评价

6）mNGS的质量管理

7）mNGS推荐使用的人群、时机和疾病

8）mNGS样本的选择及采集

9）报告解读

10）LDT项目备案与管理

病原宏基因组二代测序（mNGS）是一项覆盖病原谱广且高通量的检测技术，已在临床感染领域得到了广泛的应用。在血液病患者感染病原诊断方面，mNGS检测具有阳性率高、受到抗菌药物干扰小、覆盖病原广的优势。然而，目前尚无mNGS在血液病感染病原诊断中应用的指南或专家共识。为优化血液病患者病原mNGS检测适应证及规范报告解读，在参考血液病领域感染诊治及病原mNGS相关指南等的基础上，中华医学会血液学分会抗感染学组特邀请血液学、病原mNGS检测等领域专家共同制定此专家共识。

1）血液病患者感染临床送检mNGS适应证

2）样本采集与质量控制

3）报告解读

近年来，宏基因组二代测序（mNGS）技术在下呼吸道感染（LRTI）病原诊断领域得到了广泛应用，国内临床医师在mNGS的临床应用方面已积累了一定的经验和证据。但mNGS在LRTI病原诊断中的适用场景仍缺乏规范，mNGS报告的临床意义解读也缺乏专业的指导意见。该共识基于mNGS在我国LRTI病原诊断方面的应用实践，梳理mNGS在LRTI应用领域的瓶颈问题，汇总本领域专家意见，明确了mNGS在LRTI病原诊断中的适用场景，为mNGS报告临床意义提供了一条合理可行的解读路径，以期规范mNGS在LRTI中科学合理应用。

1）LRTI病原学诊断方法学

2）患者的选择

3）标本选择、采集和运送规范及质量评估

4）mNGS的关键实验室技术参数

5）mNGS报告解读

6）多学科会诊（MDT）

近年来基于高通量测序平台的宏基因组二代测序（mNGS）技术在新生儿感染性疾病领域得到了广泛应用。为了更加规范mNGS技术在新生儿重症监护病房的应用，中华医学会儿科学分会新生儿学组和中华儿科杂志编辑委员会组织专家以国内外循证医学证据和最新进展为基础，从mNGS技术的临床适应证、标本采集与转运、报告解读等方面给出建议。

1）mNGS在NICU感染性疾病中的应用

2）标本采集和转运

3）报告解读

宏基因组二代测序（mNGS）已被广泛应用于感染性疾病的病原检测。然而，呼吸系统感染具有特殊性:病原组成复杂、标本类型选择多样、存在感染与定植、不同标本类型结果解读原则不尽相同等。为规范临床送检适应证，选择合适的送检标本以及恰当地解读报告，特组织专家对上述问题进行讨论并撰写专家共识，以期为呼吸系统感染中mNGS技术临床应用及报告解读提供专业的指导和帮助。

1）呼吸系统感染临床送检适应证

2）呼吸系统感染送检标本类型选择

3）呼吸系统感染mNGS检测结果解读

4）现存问题及展望

宏基因组学第二代测序能够非靶向地检测临床标本中的病原体核酸，在中枢神经系统感染性疾病的病原体诊断方面，已逐步应用于临床。为推进脑脊液宏基因组学第二代测序的合理应用，中华医学会神经病学分会感染性疾病与脑脊液细胞学学组基于国内外研究成果与专家经验，组织撰写了该共识。

1）mNGS的应用概况

2）临床适应证和送检时机

3）标本的管理、检测、报告及实验室质控

4）报告的临床解读

宏基因组测序（mNGS）在新发突发传染病以及常规检验阴性的感染性疾病诊断中发挥了重要作用。近期，国内相继发表了多个共识阐述了临床应用及实验室规范，但生物信息分析程序及方法也是mNGS重要环节，而目前学界尚未有一致的认识。为提高临床对mNGS结果的理解，该共识根据国内外的发展现状，结合国内测序实验室常规做法，阐述生物信息学分析的规范化管理内容。

1）常用的生物信息学名词

2）mNGS生物信息分析的基本技术方案

3）生物信息学分析平台基本要求

宏基因组高通量测序技术通过对临床样本中微生物和宿主核酸的测序分析，可以无偏倚地检测多种病原微生物，正在逐渐应用于临床感染性疾病病原检测，然而业界对该技术的临床适应证、实验流程、质量管理、性能验证和报告解读等方面仍有困惑。中华医学会检验医学分会临床微生物学组、中华医学会微生物学与免疫学分会临床微生物学组、中国医疗保健国际交流促进会临床微生物与感染分会组织专家对上述问题进行了讨论并撰写了专家共识。

1）共识制定过程

2）分类和术语

3）mNGS技术应用于感染性疾病的适应证

4）mNGS的基本流程和管理要求

5）mNGS应用于感染性疾病病原诊断的质量管理保证

6）mNGS应用于感染性疾病病原诊断的性能验证和标准化

7）mNGS应用于感染性疾病的报告解读

宏基因组下一代测序（mNGS）技术直接针对标本中核酸无偏倚检测病原微生物序列。但是，mNGS需经标本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序、数据库比对、报告生成及结果解读等一系列过程，对技术平台及人员素质要求较高。为规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危急重症、疑难感染性疾病和新发突发传染病的救治水平，在多项国家科技专项的支持下，本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。

1）临床应用的基本要求

2）mNGS检测病原微生物的实验室要求

3）mNGS微生物检测方法的建立

4）性能确认

5）质量保证

病原学的精准诊断对感染性疾病的诊断非常重要。宏基因组学第二代测序技术检测具有无偏倚性、广覆盖、快速等优点，能覆盖更广范围的病原体。该专家共识就第二代测序技术的临床应用范围、样本采集、分析解读和诊断效能等方面进行证据总结和意见推荐，建立中国感染病原体宏基组学检测的标准规范。

1）证据强度和证据质量的分级定义

2）二代测序的临床需求与应用范围

3）二代测序的流程与质量控制

4）二代测序结果的临床应用建议及其临床判读、验证

5）二代测序在临床感染性疾病中针对不同病原体类型的诊断效能

基于宏基因组学测序（mNGS）的病原学诊断技术是一种非靶向的广谱病原学筛查技术，近几年越来越多的研究表明其在重症感染领域，特别是疑难、罕见病导致的重症感染中发挥了关键性作用。该文从检测、规则和应用等方面阐述了基于mNGS技术在临床中重症感染患者病原学诊断中应用的专家共识，并对其未来在临床应用改进方面提出了展望。

1）检测与质控

2）规则及应用

3）mNGS 技术展望

基于宏基因组新一代测序技术(metagenomics nextgeneration sequencing, mNGS)不依赖于传统的微生物培养，直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，然后与数据库进行比对分析，根据比对到的序列信息来判断样本包含的病原微生物种类，能够快速、客观的检测临床样本中的较多病原微生物（包括病毒、细菌、真菌、寄生虫），且无需特异性扩增，尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断。为了规范运用mNGS进行病原微生物的诊断、正确解读检测的结果和指导治疗，该文组织了急危重病、感染病学和病原微生物学相关领域专家，制定了该共识。

1）mNGS分析和诊断技术是急危重病感染快速、精准诊疗的发展方向

2）mNGS在急危重病感染患者应用的适应症

3）mNGS检测的基本流程和质量控制

4）临床应用和结果解读原则

5）mNGS在急危重病感染性疾病应用中尚存在的问题