缪青丨《呼吸系统感染中宏基因二代测序（mNGS）临床应用与结果解读专家共识》要点解读 ...

讲者丨缪青（复旦大学附属中山医院）

整理丨李振欣（辽宁省肿瘤医院）

审核丨吴怀英（聊城市第三人民医院）

来源丨2022 SIFIC暨OCAMRI联合会

随着mNGS技术的发展，越来越被临床接受并应用，但是作为检测时间短且较为前沿的技术，在应用和结果解读等方面还未建立行业标准。随着技术特点和使用范围不断扩大，越来越多的行业领域提出区域或专业内的行业专家共识。本次课程，来自复旦大学附属中山医院的缪青教授，对《呼吸系统感染中宏基因二代测序（mNGS）临床应用与结果解读专家共识》的要点进行解析，以便mNGS技术更好的应用和解读，进而服务临床。

宏基因组基因测序技术在医学方面的应用现状

mNGS是一种宏基因组基因测序技术。我国从2008年开始到2022年医学各专业领域，包括急诊、重症、传染病、检验、神经、儿科等，相继发表宏基因技术在临床应用中的专家共识，不同领域专家共识不断增加和日益完善。下面主要从呼吸系统感染角度进行详尽介绍。

呼吸系统感染mNGS送检和结果解读的特殊性

1. 非无菌部位，与外界想通。

2. 微生物组成复杂，存在定植菌。

3. 样本类型多样性。

   (1) 肺泡灌洗液；

   (2) 痰(咳痰、雾化导痰、经人工气道吸痰)；

   (3) 肺组织；

   (4) 鼻咽拭子；

   (5) 胸腔积液；

   (6) 纵膈/肺门淋巴结；

   (7) 外周血；

   (8) 福尔马林固定石蜡切片。

呼吸系统感染mNGS专家共识的特点

1. 首个聚焦呼吸道感染性疾病的专家共识。

2. 涉及多专业：感染学、呼吸病学、临床微生物学、医院感染管理专家参与。

3. 重临床应用：细化不同的送检适应症及推荐送检标本类型。

4. 注重报告解读。

呼吸系统感染mNGS专家共识主要内容

一、呼吸系统感染临床送检适应症

1. 疑似下呼吸道感染的危重症患者，建议送检mNGS。

2. 免疫抑制患者呼吸系统感染，建议送检mNGS。

3. 疑似慢性肺部感染或疑难感染，且既往治疗效果不佳时，建议送检mNGS。

4. 疑似呼吸系统感染暴发且病原体不明，建议送检mNGS。

5. 通过有创性操作获取组织标本，如经皮肺穿刺组织、经支气管镜肺活检组织(TBLB)及经超声支气管镜淋巴结穿刺活检组织(EBUS-TBNA)等，建议送检mNGS。

6. 怀疑厌氧菌引起的肺脓肿、坏死性肺炎或其他肺部感染，建议采集避免口腔菌群污染的标本(如下呼吸道标本、经皮穿刺肺活检组织及胸腔积液)，建议送检mNGS。

二、呼吸系统感染送检标本类型选择

呼吸道感染标本类型的选择，首先需考虑从原发感染部位采集，下呼吸系统感染更为复杂，肺部病灶部位、形态、大小、咳痰质量、有创操作耐受情况等均会影响选取最合适的标本类型。

1. 怀疑感染的肺部弥漫性病变，建议首选支气管肺泡灌洗液(BALF)；若无法耐受有创性检查，建议选择诱导痰、咳痰或者经上呼吸道吸痰标本。

2. 疑似病毒性LTRIs者，建议同时送检下呼吸道标本进行DNA+RNA。

3. 疑似病毒性LTRIs者，若无法获取下呼吸道标本，建议采集鼻咽拭子或外周血送检mNGS。

4. 对于疑似肺部感染而无法取得呼吸道标本患者，建议采集外周血送检mNGS。

5. 对于肺部病灶疑似为全身疾病累及的患者，建议采集其他局部病灶作为次选标本，送检mNGS。

三、呼吸系统感染mNGS检测结果解读

1.解读原则

(1) 结合临床、实验室检查、胸部影像学。

(2) 结合其他传统微生物报告、交叉验证。

(3) 结合微生物的种类：定植or感染or背景?

(4) 结合检出相对丰度、序列数。

(5) 若有条件，可结合多个不同样本类型。

2.呼吸系统感染mNGS检测结果解读需要关注的要点

（1）若痰标本或BALF检出上呼吸道常见定植微生物，如草绿色链球菌、奈瑟菌属、嗜血杆菌属、普雷沃菌属、韦荣球菌属、罗氏菌属、凝固酶阴性葡萄球菌、肠球菌属、念珠菌属等，考虑定植可能大。

（2）若痰标本或BALF检出不存在或很少存在于口腔的病原体，如嗜肺军团菌、衣原体、百日咳博德特氏菌、白喉棒状杆菌等，考虑致病微生物可能大。

（3）若呼吸道标本检出非结核分枝杆菌(NTM)，需结合检出分枝杆菌属排名情况及种的类别，如常见致病非结核分枝杆菌：鸟胞分枝杆菌复合群、脓肿分枝杆菌复合群、堪萨斯分枝杆菌，考虑其为致病微生物的可能。

（4）若呼吸道标本检出隐球菌属、曲霉属、毛霉属及其他丝状真菌，若检出序列数较低，需结合影像学、血清学、组织病理学等考虑其为致病微生物的可能。

（5）免疫功能抑制患者呼吸系统感染检出低毒力病原体，需考虑致病微生物可能大。

（6）mNGS如检出高传染性或高致病性病原体，无论特异性序列数多少，都应充分重视，需对检测结果进行复核以及使用其他检测技术验证。

（7）呼吸道标本若检出环境中广泛存在的微生物时，需考虑标本处理过程中的污染。

（8）若2种类型呼吸道标本或1种呼吸道标本与1种非呼吸道标本同时检出同一病原体，需考虑有临床意义。

四、mNGS技术存在问题及挑战

mNGS技术在呼吸道检测中病原微生物解读与判定存在的问题与挑战；mNGS技术在现阶段临床应用中的挑战；mNGS在病原微生物耐药检测中的挑战。

小 结

mNGS技术检测速度快，检测结果灵敏等优点，越来越被临床接受，但如何在临床适时应用mNGS技术，并正确解读其结果仍是一个亟待解决的难题。《呼吸系统感染中宏基因二代测序（mNGS）临床应用与结果解读专家共识》中简明、扼要地提出了mNGS技术使用的适用症、送检标本选择类型及结果解读原则、方法，为技术的使用和推广，提供了一定的质量控制和技术保障。随着检测技术不断发展和进步，越来越多的标准和共识会被不断提出、检验和改进。临床及科研工作人员应充分结合实验数据及临床资料，不断优化、改进，充分发挥mNGS技术的临床诊疗价值。