超级优势致病菌侵入下呼吸道或为新冠重症和死亡主要原因

图1 对重度和低呼吸道患者的细菌群落进行Alpha多样性分析(MU, 轻度COVID-19患者的上呼吸道;MD,较低呼吸道的轻度COVID-19患者;SU,上呼吸道严重的COVID-19患者;SD,较低呼吸道的严重COVID-19患者。)

该项工作中对20例重症和51例轻症新冠患者开展了上下呼吸道细菌宏分类学研究，采用6个alpha多样性指数分析患者呼吸道细菌群落的多样性。研究发现轻症患者下呼吸道细菌群落的均匀度和丰富度高于重症患者。根据Bray-Curtis距离，轻、重症患者的细菌群落组成不同。

图2在轻度和严重COVID-19患者鼻咽微生物组中最丰富的15个科(A)和属(B)

接着，该项工作中对呼吸道细菌菌群中的优势病原体进行分析。分析发现，在重症组，伯克霍氏菌、不动杆菌、葡萄球菌、大肠杆菌/志贺氏菌、摩根氏菌、重症组棒状杆菌的丰富度明显高于轻度组。

图3 对轻度和严重的COVID-19患者的上和下呼吸道样本进行超级优势致病性共生菌属的鉴定

如图3所示，在重症患者中，40.7%的鼻咽部菌群和63.2%的下呼吸道菌群有SDPG， 轻症患者中10.8%的鼻咽部菌群和8.5%下呼吸道菌群有SDPG。30%重症患者鼻咽部菌群和下呼吸道菌群的SDPG相同。

在新冠肺炎患者中发现具有下行能力的细菌包括，洋葱伯克霍氏菌(13例)、鲍曼不动杆菌(5例)、金黄色葡萄球菌(4例)、嗜麦芽窄食单胞菌(3例)、大肠埃希菌(2例)、阴沟肠杆菌(2例)、人型葡萄球菌(1例)。其中，洋葱伯克霍氏菌、鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌是主要的SDPG。

综上，该研究认为，SARS-CoV-2重症患者的鼻咽微生物群多样性丧失，鼻咽微生物群中的SDPG可导致新冠重症患者出现继发性细菌感染，并加重肺炎，导致高死亡率。