国内首篇脑脊液mNGS共识 | 中枢神经系统感染性疾病的脑脊液宏基因组学第二代测序应用 ...

2014年，国际上开始报告使用mNGS诊断神经感染病例。2015年以来，脑脊液 mNGS在国内逐渐应用于神经系统感染性疾病的诊断。此后，国内外开展了一系列队列研究：

充分说明了脑脊液mNGS 对CNS感染性疾病病原诊断的实用性。我国在使用 mNGS 诊断神经感染的技术进展上与世界同步。

脑脊液 mNGS 主要适用于怀疑CNS感染性疾病患者的致病性病原体鉴定，包括病因未明的脑炎、脑膜炎(包括脑炎与脑膜炎叠加的脑膜脑炎)和脑脓肿等疾病的患者。

对于社区获得性急性脑炎和脑膜炎：非重症患者一般可以先开展脑脊液传统微生物学检查，仍不能明确病因时再送检脑脊液 mNGS；必要时在首次留取脑脊液时预先将 2~5 ml 脑脊液标本保存于-20 ℃冰箱，若经过脑脊液传统微生物学检查在3 d内未获得明确的病原学证据且经验性抗感染治疗无效，建议对预留的脑脊液标本进行 mNGS 检测。对重症患者建议首次脑脊液检查即送检mNGS。

对于高度怀疑新发病原体、罕见病原体感染，而临床缺乏其他可及的检测方法时，建议首次脑脊液检查即送检脑脊液 mNGS。

对于医院获得性急性脑炎和脑膜炎，若经过包括脑脊液传统微生物学检查在内的系统性检查（影像学检查、实验室检查）仍未能明确病因，且患者接受经验性治疗后无显著好转，建议复查脑脊液，并送检mNGS。

对于病因不明的慢性CNS感染性疾病患者，例如病因未明的慢性脑膜炎患者，首选脑脊液mNGS进行检测。

对于原发性免疫缺陷、粒细胞缺乏、艾滋病、服用免疫抑制剂等免疫功能缺陷的患者，由于病情复杂、进展快、潜在的病原体种类繁多、存在新发病原体可能，建议首次脑脊液检查即送检mNGS。

临床怀疑CNS感染患者的标本一般送检病原微生物DNA检测；若临床高度怀疑RNA病毒感染，例如不明原因的基底节脑炎，则需要加送病原微生物RNA检测，但RNA病毒的脑脊液 mNGS 阳性率较低。

标本的质量直接影响检测结果及其同临床诊断的符合度，是mNGS病原学诊断的关键因素。标本管理相关的标准操作程序和标本采集手册应该由实验室工作人员和临床医生共同讨论确定。

该共识主要基于脑脊液标本。在脑脊液标本检测结果不能辅助诊断或者不能获得脑脊液标本，但是又高度怀疑CNS感染时，建议采集脑组织活组织检查（活检）标本或者血液标本送检，具体送检流程可以咨询检测机构。

送检标本应有送检申请表，填写受检者信息，包括标本唯一性编码、采样日期、采样时间、患者个人基本信息、标本组织类型、采样单位和临床资料等。收集标本的容器上应注明患者的唯一信息，通常可包括检测编码、受检者的姓名、送检科室和住院号等信息。医护人员在采样前需仔细核对患者信息。

标本采集前主管医生应向患者或其监护人或者委托人告知所检测项目的目的、总体阳性率、优点和局限性（有限的特异度与敏感度，可能出现假阳性或假阴性结果）、费用（包括是否为自费）、预期报告时间、剩余标本的去向及保存时间、临检标本是否可匿名用于科研项目等，并告知mNGS以外的其他可选检验项目，以获得知情同意。在整个流程中，要注意保护患方的个人隐私。

脑脊液标本采集可以按照临床腰椎穿刺常规操作方法。为减少标本采集时的微生物污染，应使用严格的无菌技术，采集脑脊液时要充分消毒穿刺点及周围皮肤。尽量避免脑脊液标本中混入血液。建议送检第2管或者第2管之后的标本，送检量2~5ml，送检前尽量减少对标本的额外分装。

标本保存管应无菌、无消毒剂及防腐剂、无污染、密封性好、材质透明以便于观察。

标本采集后需要采用冷链运输；

采集后4h内开始检测的标本在2~8 ℃保存和运输；

间隔时间长于4h短于1周的标本在-20℃以下保存，干冰运输；

间隔时间长于1周的标本建议低于-70℃保存；

标本应避免反复冻融，运输时避免剧烈震动。

标本采集后应及时送检，转运标本时，应按照国家有关生物安全标准标识、包装标本，运送过程符合生物安全规范的要求，严防外部微生物污染标本，同时要防止标本内容物泄漏污染环境。

脑脊液 mNGS检测过程包括标本处理、核酸提取、文库制备、上机测序、数据处理、序列比对、人源序列去除、微生物注释和报告。整个检测体系应该有完整的质量控制方案和参数，用于比对和注释的病原微生物数据库应该尽量完整、精确并定期更新，并需要对检测流程的分析性能进行确认，以保证检测报告的准确性。

mNGS 病原检测报告需要符合《医疗机构临床实验室管理办法(卫医发〔2006〕73号)》和《医学检验实验室基本标准和管理规范(试行)国卫医发〔2016〕37 号》对检测报告的要求，列出患者信息、标本信息、检测方法、检测范围、结果、检测机构与报告人信息等内容。检测报告需要有严格的发放和审核流程，以确保报告的及时、有效、正确和完整。