奥密克戎变异点多在s基因 在国家呼吸临床医学中心病毒诊断分中心学科带头人陈敬贤教授看来，新冠病毒的基因组大约由3万个连续的核酸组成，每一个变异株通常只有几十到几百个核酸发生改变，占整个基因组不到1%。因此，大部分检测试剂都不会受到影响。只有当试剂盒所针对的靶标（基因）中恰好有突变发生，才有可能检测不到（即脱靶）。 奥密克戎变异株相比此前的变异株，会引起全球对检测试剂漏检的担忧，源自其多处基因突变，特别是对于检测靶标为 S 基因的核酸检测试剂可能无法有效检出 Omicron 变异株。
德尔塔毒株与奥密克戎毒株刺突蛋白突变对比图（图片来自罗马儿童医院） 其他的检测试剂是否也会脱靶？国家卫健委有关负责人在11月28日的新闻发布会上表示：“国内主流核酸检测试剂盒目前依旧有效，不存在脱靶的情况。”原因在于奥密克戎变异株突变主要分布在 S 蛋白基因的高变异区，而N基因、RdRP基因和E基因变异的情况很少或没有。而且前者均不在国内主流核酸检测试剂盒双靶基因（ORF1ab基因和N基因）设计的序列范围以内，因此这些试剂盒对奥密克戎变异株的检测不会受到影响。 以圣湘生物为例，在发现奥密克戎变异株后，公司紧急分析比对突变位点和本公司现有产品的检测区域，对从2021年11月25日的10条序列到11月28日中午12时的123条序列及时进行了跟进、分析和更新，发现产品（新型冠状病毒2019-nCoV核酸检测试剂荧光PCR法）对目前已经上载的变异株序列不会出现漏检和脱靶的情况。
