靶向测序也能发现新融合基因？！

近日，欧洲呼吸杂志（The European Respiratory Journal ，ERJ）发表了解放军总医院田庆教授的利用靶向NGS技术（22个DNA基因，4个RNA基因，Oncomine OST Panel）发现了一个新的ALK融合基因的研究成果，锐杰基因参与了这项研究，提供了靶向二代测序、3’RACE、Sanger 测序验证等实验室技术支持的工作。

此前肿瘤驱动的融合基因的发现，通常通过FISH、免疫组化、RT-PCR等技术，在灵敏度准确性等方面有明显局限。基于二代测序的全基因组或全转录组等技术又存在数据分析的挑战。我们此次的发现表明，在一定条件下，基于RNA序列设计的靶向panel具有发现新的融合基因的潜在能力，使患者获得更大的靶向治疗机会。

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一例非小细胞肺癌新的克唑替尼敏感的BCL11A-ALK融合基因的鉴定

在NSCLC中至今发现了超过10种不同的ALK基因融合搭档，比如：EML4, KIF5B, KLC1，TFG, TPR, HIP1, STRN, DCTN1, SQSTM1和 BIRC6等。我们报道了一例对ALK抑制剂克唑替尼敏感的新发ALK融合搭档。

患者为64岁无吸烟史女性，2016年5月入住解放军总医院，病理诊断为肺腺癌。取得患者穿刺组织后，分别提取DNA和RNA，使用Oncomine solid tumor Panel（覆盖22个DNA基因序列突变和4个RNA融合基因突变）在Ion PGM平台上进行靶向测序。对数据经ALK不平衡分析发现3’端比对上10366条序列，而5’端仅比对上7条序列，不平衡指数为0.06，远超0.015的阈值。此结果强烈暗示存在融合基因突变，而此突变不是已知融合基因的类型。

根据数据分析结果，从2016年6月份开始尝试给患者使用克唑替尼，1个月后经胸CT检查患者病情有非常显著的改善（见图1b）。直到2016年12月，患者一直在使用克挫替尼且病情稳定无复发。

同时，我们使用SMARTer  RACE 试剂针对ALK 基因的融合序列，得到了一个长度为1011bp的ALK基因序列，经过Sanger测序分析发现患者肿瘤具有BCL11A-ALK 的融合（见图1c）。

BCL11A位于2号染色体，已知为B 细胞肿瘤的关键基因，同时参与了一些生物学过程。我们的研究表明，BCL11A-ALK应该被考虑为一个驱动肿瘤的融合基因，同时应该纳入ALK融合基因列表。

 参考文献：Tian Q, Deng WJ, Li ZW. Identification of anovel crizotinib-sensitive BCL11A-ALK gene fusion in a nonsmall cell lung cancer patient. Eur Respir J 2017; 0: 1602149 [https://doi.org/10.1183/13993003.02149-2016].