新冠病毒检测技术简史

归去来兮 2023-5-8 11:23 AM 838人围观技术

2023年5月5日，世界卫生组织（WHO）宣布，新冠不再构成国际关注的突发公共卫生事件（PHEIC，Public health emergency of international concern）。

2020年1月30日，世卫组织宣布新冠疫情构成“国际关注的突发公共卫生事件”，这是世卫组织依照《国际卫生条例》所能发布的最高级别预警。自PHEIC首次建立以来的三年零三个月零五天里，各国向世卫组织报告了700万人的死亡。根据世卫组织和其他组织的估计，新冠大流行的真实死亡人数是这个数字的两到三倍。

从检测技术的角度，新冠为我们积累了大量的经验和教训，为人类面对下一次疫病大流行留下了宝贵的遗产。下面让我们从头回顾一下：

一、高通量测序技术

从流行病学溯源的角度大家都想找到所谓的“0号病人”，但是从传染病的角度几乎不可能找到第一个感染者。测序技术的出现使我们能用最快的速度在第一批感染者中快速鉴定出病原并获得其全基因组序列。在新冠大流行期间也承担着新冠溯源的重要任务。

2019年12月24日，广州微远基因科技有限公司接受武汉中心医院委托，为一名华南海鲜市场的65岁男性送货员（6天前发热经使用各种抗生素治疗无效），从气管镜采样的肺泡灌洗液样本进行NGS检测。2天后，发现样本报出敏感病原体——SARS冠状病毒，顿感事关重大，立即将数据分享给中国医学科学院病原所；1月27日，微远组装出了接近完整的病毒基因组序列，基本确认该患者的样本里有一个跟Bat SARS like coronavirus（蝙蝠类SARS冠状病毒）类似的新型病毒。

2021年5月11日，国务院应对新型冠状病毒肺炎疫情联防联控机制综合组发布了《新型冠状病毒肺炎防控方案（第八版）》的《新型冠状病毒感染的肺炎实验室检测技术指南》中增加了病毒全基因组测序的内容。

“对核酸检测Ct值≤32的所有境外输入病例的标本、入境物品及相关环境阳性标本、本土疫情中的首发或早期病例、与早期病例有流行病学关联的关键病例、感染来源不明的本土病例标本以及疫苗接种后核酸检测阳性者标本进行测序。”

在新冠流行期间，无论是二代还是三代测序都得到了广泛的应用，从测序方法上主要采用了宏基因组测序、探针捕获测序和多重PCR扩增子测序三种方法。这一方面是由于测序平台的成熟，另一方面在于全球新冠数据库的共享。

当下各测序公司最火的tNGS（靶向测序）就是受益于新冠期间的技术积累。

检测人眼中的测序技术发展史

宏基因组测序病原微生物检测生物信息学分析规范化管理专家共识

二、核酸检测技术

1.实时荧光定量PCR

2020年1月11日中国科学家上传了新冠病毒的全基因序列，WHO 1月17日就发布了德国科学家Olfert Landt 建立的COVID-19的核酸检测方法，中国CDC于1月21日发布了我国的检测方法，美国CDC于1月24日发布了自己的检测方法。

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来源: 原博士带你做检测 | 作者：原博士

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