随着第二代测序技术(next generation sequencing,NGS)在包括前列腺癌等肿瘤临床诊疗中得到愈发广泛的应用,对NGS在前列腺癌临床应用过程中的检测内容、检测技术、生物信息学分析、数据处理及解读等环节的质量管理提出了更高的要求。国外已出台了诸如《基因检测对遗传性前列腺癌风险评估作用:2017费城前列腺癌会议共识》(以下简称为费城共识)等共识以规范该技术在前列腺癌诊疗及筛查中的应用,但我国尚无相关共识或指南指导NGS在前列腺癌诊疗实践中的规范应用。 1 适宜进行基因检测的对象 局限型、转移型及转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)患者的基因突变图谱及发生率可能不同,结合前列腺癌临床实践流程及药物研发现状,符合表1的前列腺癌(特别是mCRPC)患者应考虑进行NGS基因突变检测。 表 1 适宜进行基因检测的前列腺癌患者(有无家族史//患者情况//推荐指南共识) ◆ - // 经确诊的mCRPC患者// 费城共识及《NCCN临床实践指南南:前列腺癌》 ◆ - // 经确诊的转移性前列腺癌患者// 《NCCN临床实践指南:遗传家族高风险评估乳腺癌和卵巢癌(2019.V2)》 ◆ 有 // 对于任意发病年龄的前列腺癌患者(Gleason≥7分),有1位任意发病年龄的卵巢癌、胰腺癌或转移性前列腺癌,或发病年龄小于50岁的乳腺癌直系亲属,或有2位任意发病年龄的乳腺癌或前列腺癌(任意级别)直系亲属// 《NCCN临床实践指南:遗传家族高风险评估乳腺癌和卵巢癌(2019.V2)》 ◆ 有 // 2位及以上同系亲属具有疑似遗传性卵巢癌-乳腺癌综合征、遗传性前列腺癌综合征及林奇综合征家族史的前列腺癌患者// 费城共识 ◆ - // 有胰腺癌病史;患者肿瘤组织检测发现肿瘤发病风险相关基因变异而缺乏胚系验证// 《NCCN临床实践指南:遗传家族高风险评估乳腺癌和卵巢癌(2019.V2)》 2 检测内容 本共识建议针对不同遗传背景及检测目的的受检者,应根据实际需要进行检测Panel的筛选,检测Panel和检测流程应在临床应用前进行充分的性能分析评估。 2.1 BRCA2、BRCA1及ATM基因 2.2 其他同源重组修复基因 2.3 错配修复基因 2.4 其他基因 3 NGS检测流程的规范 NGS检测的全部流程包括从符合送检要求的样本中提取DNA、其后基于杂交捕获或扩增子建库方法进行文库构建,将构建好的文库在NGS平台上进行测序,数据量需达到符合要求的测序深度;对于不同类型突变(包括单碱基变异、插入或缺失、拷贝数变异和大片段重排)采用特定生物信息学分析方法进行分析和注释,最后对检测发现的基因突变信息进行解读和出具临床报告。 〔本资料由朱明恕主任医师根据《中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2018年版)》编写〕 |